O jogo e de respectiva 3D e é edição especial de 2 discos. O jogador controla Edge, um jovem mercenário que luta contra um império em um vôo dragão e encontrou uma misteriosa garota de uma civilização desaparecida. Ao contrário dos outros Panzer Dragoon jogos, cuja jogabilidade ocorre durante o vôo o dragão, algumas áreas são exploradas com borda a pé. O sistema de batalha mistura em tempo real e por turnos elementos, com o jogador circulando inimigos no dragão para expor os pontos fracos e escapar posições perigosas.